Nella seconda metà del '700 sull’ospedale si innestò una controversia di stampo anticuriale nella quale intervenne l’Universitas per ribadire i suoi diritti sull'ospedale contro quelli della curia vescovile.

L’intervento portò la firma del celebre Carlo de Marco che, col Tanucci e il Fraggianni formavano una triade che assicurava la difesa delle ragioni di Stato insidiate dalle pretensioni ecclesiastiche. Ma. al di là di queste vicende, che oltre all'ospedale coinvolsero il monastero di S. Chiara e il monte dei Pegni, altri due luoghi pii di patronato laicale, si racconta, senza provarlo, che sin dal 1232 Copertino vantava un ospedale denominato di S. Lazzaro.

Altri affermano, senza provarlo nemmeno stavolta, che la costruzione di un ospedale a Copertino risalirebbe al 1308 e che nel '400 il conte Tristano Chiaromonte fu assai generoso verso questa istituzione. Che in epoca medioevale ci sia stato un ospedale pubblico, quindi, rimane soltanto un'ipotesi. Le fonti, alle quali abbiamo scelto di attenerci in questo e in tutti gli altri casi, ci rimandano al 1460 quando cioè Aloysio Boniurno stabilì di fondare nella propria dimora un ospedale privato.

Per ritrovare un luogo di "pubblica pietà" bisognerà attendere il XVI secolo. In quest'epoca risulta esservi, nei pressi della chiesa Matrice un ospedale che si doterà dell'asse ereditario di un nobile facoltoso copertinese, Massenzio Alemanno. Nel 1592 si registra un'altra interessante donazione privata a favore di questa struttura, ovvero Giovanni Maria Vetere donerà all'Universitas il suo ospedale privato sito nella piazza del Castello. Qui, l'ospedale pubblico trovò definitiva dimora.

Essendo un'opera pia destinata alla cura dei poveri l'ospedale acquisì lasciti e donazioni e l'amministrazione fu affidata ai rappresentanti dell'Universitas. La marginale presenza del clero al suo interno (il rettore era un sacerdote del capitolo), nel corso degli anni divenne sempre più fondamentale tanto che nel '700, approfittando di una marginale defaillance dei laici, il clero ne assunse i pieni poteri. Scoppiò una inevitabile controversia che durò quasi un secolo e alla quale il clero dovette soccombere.

L'avvento dei napoleonidi e la restaurazione borbonica consentirono all'ospedale una lenta evoluzione. Dopo l'unificazione nazionale la sua gestione fu affidata alla locale Congregazione di Carità. L'edificio, che sorgeva in angolo tra le attualei vie F. Crispi e San Giuseppe, si componeva di otto stanze. Nel 1898, la Congregazione di Carità fece giungere nell'ospedale le prime tre suore di S. Anna, disposte ad assistere i poveri ricoverati. Parte da queste vicende la tradizione ospedaliera di Copertino. Difatti, preso atto dell'angustia dei locali, la civica amministrazione si prodigò a realizzare, intorno al 1930, la prima vera struttura ospedaliera al passo con i tempi, lungo la via Lecce, in un area la cui posizione all'epoca fu definita "ottima e salubre sulla via Copertino per Lecce".