La struttura risale al 1314, epoca in cui regnava Roberto D’Angiò e il casale di Copertino faceva ancora parte dell’area ellenofona salentina. Come si evince dall’iscrizione dedicatoria posta al suo interno e rilevata per la prima volta nel 1982 dallo studioso Andrè Jacob, questa laura fu costruita per "devozione del cavaliere Sourè, di sua moglie e dei suoi figli"e fatta affrescare "dalla mano di Nicola e di suo figlio Demetrio da Soleto".

La costruzione dell’ipogeo, avvenuta due secoli dopo la persecuzione iconoclasta, dovette assolvere non solo funzioni cultuali, ma anche quelli di sicurezza in epoca in cui il territorio veniva funestato da scorrerie piratesche e da bande di mercenari sicchè, nel momento del pericolo, monaci e fedeli potevano trovarvi rifugio.

L’invaso, interamente scavato nella roccia, misura m. 9 x 5,20 e la volta, sorretta da due pilastri, è alta m. 2,60. Vi sono due altari scavati nella roccia. Il primo, quello della navata centrale, è affrescato con una scena della crocifissione (il Crocefisso, la Vergine e San Giovanni Evangelista). Tra l’altare centrale e quello a sinistra è affrescata la scena dell’Annunciazione. L’altare della navata sinistra contiene l’affresco più antico raffigurante San Giovanni Evangelista. Sulla parete destra si scorge la figura dell’Arcangelo Gabriele, mentre sulla parete settentrionale è leggibile un volto muliebre. Il soffitto della cripta conserva ancora un’ampia superficie affrescata dalla quale emerge un cielo stellato con stelle a otto punte e al centro una delicatissima scena sentimentale.

E' noto che i calogeri basiliani affrescarono riccamente le loro dimore, ricoprendo di immagini le absidi, i pilastri, le pareti laterali, gli archi e talvolta i soffitti adottando un’iconografia bizantina che prescriveva un’immagine statica e bidimensionale. Con il progressivo distacco dall’Oriente questa iconografia si evolse dando maggiore consistenza e vigore alle immagini che lentamente acquistarono una disposizione scenografica di tipo tridimensionale.

Questa evoluzione raffigurativa, adottata dalla scuola pittorica italo-greca sorta in San Nicola di Casole presso Otranto, influenzò molti artisti meridionali vissuti prima di Giotto e costituì un momento di transizione tra l’arte orientale e quella occidentale. E’ questo, quindi, il caso degli affreschi della cripta di San Michele Arcangelo; affreschi "bizantineggianti" e non più bizantini dove il movimento e la drammaticità scenica di alcune figure sono assai lontane dall’impersonalità che emerge dai dipinti realizzati nei secoli precedenti, la cui connotazione prevalente fu quella di una piatta frontalità e di una statica ieraticità.