Intorno al 1570 mons. Ambrogio Salvio, domenicano, vescovo di Nardò, volle trasferire l’immagine della Vergine dell’Idria in prossimità del centro abitato affinchè fosse adeguatamente venerata. I cronisti raccontano, infatti, che questa immagine operò grazie e miracoli al punto che fu chiamata S. Maria delle Grazie in quanto furono "moltissimi liberati da spiriti invasori" grazie all’olio di una lampada votiva che vi ardeva continuamente nei suoi pressi. Si racconta che una volta si spezzò la corda di questa lampada e, nonostante si fosse spenta, l’olio gorgogliò incessantemente per tre giorni.

Fu mons. Salvio a promuovere la presenza dei Domenicani a Copertino e quindi la costruzione di chiesa e convento sostenuta dalla trionfante pietà controriformistica. Il complesso domenicano si costituì subito come polo di devozione mariana all'interno della comunità copertinse e, di conseguenza, come polo di future espansioni edilizie.

Le travagliate vicende architettoniche del complesso lasciano trasparire con difficoltà notizie, dalla fase iniziale nella quale sono evidenziabili "prestiti" provenienti dalla vicina Nardò, si passa, nella prima metà del Seicento alla presenza di maestranze già famose oltre i confini della piccola patria. Si tratta di Evangelio Profilo che la ricostruisce dopo un crollo e ad Ambrogio Martinelli che vi realizza l'altare di S. Giuseppe.

La chiesa, ricostruita per ben due volte in seguito a crolli accidentali fu puntualmente ricostruita ma ad ogni ricostruzione si perdevano le tracce della sua originale struttura. Al suo interno si conservano ancora due pregevoli altari barocchi, uno eretto dall'antica famiglia Lezzi-Morelli e l'altro dalla famiglia D’Ambrosio, un interessante affresco raffigurante "la Pietà", una grande tela del 1612 di G. Domenico Catalano raffigurante la Vergine del Rosario.

Chiesa e convento subirono la soppressione murattiana e per diversi anni rimasero abbandonati. La chiesa rimase parzialmente aperta al culto, mentre il convento fu venduto alla famiglia Del Prete che ne fece un opificio.

Sin dal Cinquecento la chiesa fu sede della confraternita intitolata al SS. Rosario che per alterne vicende si estinse definitivamente nel 1945.

Nel 1919, con editto di mons. N. Giannattasio vescovo di Nardò, la chiesa del SS. Rosario divenne la seconda parrocchia di Copertino, dopo la Matrice. Il primo parroco fu mons. Salvatore Nestola. Tra il 1930 e il 1959 la chiesà fu oggetto di sostanziali ampliamenti tra cui l'erezione, nel 1954, dell'attuale torre campanaria.