Attualmente, le alterne vicende che hanno interessato la dimora di questi frati, sembrano blindate tra un le mura di un opificio. Pertanto, ciò che resta di questa antica dimora sono solo alcuni lembi di affresco, peraltro nemmeno visitabili essendo inglobati nel predetto opificio privato.

Nel 1590 fu l'Universitas di Copertino a deliberare "in pubblico reggimento" di costruire un monastero per i frati Cappuccini. L'area su cui sarebbe sorto fu acquistata per poco più di 35 ducati dai fratelli Alfonso e Giovanni Filippo Russo ed era costutita da un giardino "di tre porche e diciannove canne, site in loco vocato le conche juxta via publicam che si và da Cupertino a Veglie ex occidente, altre terre delli Russi da austro, le terre beneficiali di S. Caterina da borea e le terre beneficiali di don Cubello Chiarello ex oriente".

L'atto di vendita fu rogato l'8 maggio da notar Antonio Russo alla presenza dei proprietari e dei rappresentanti del comune tra cui Giovanni Maria Vetere, Giovan Carlo Morello, Lelio Bove, Cola Maria Corrado e il capitolo dei Cappuccini.

Al termine della stesura dell'atto gli uomini dell'Universitas e i frati si recarono in processione sul posto prescelto e piantarono "la santissima cruce" proprio nel punto in cui, più tardi, sarebbe sorto l'altare principale della chiesa che sarà dedicata alla SS.ma Trinità. Al termine del rituale tre agrimensori tracciarono l'area assegnata ai frati.

La chiesa e il convento dei Cappuccini non furono soltanto un polo religioso, ma fu soprattutto un centro di istruzione per molti copertinesi. Vissero di carità (il Comune, per esempio stanziava annualmente dodici ducati), ma non si astennero dal farla, come lo attestano diversi documenti fin qui pubblicati. Appartenuto ad un ordine mendicante, il convento non subì la soppressione murattiana.
Fu, invece, soppresso dopo l'unificazione nazionale e incamerato al demanio dello Stato.

Nel 1866 il complesso e l'annesso giardino furono dapprima concessi in affitto e nel 1875 lo Stato ne deliberò la vendita a favore di Donato Antonio Lillo di Monopoli e Donato Greco di Copertino i quali vi impiantarono una distilleria e una fabbrica per il cremore di tartaro. Da quell'anno la fabbrica venne lentamente stravolta nei suoi originali profili architettonici, tipicamente cappuccini fino a renderla irriconoscibile.